В классическом рецепте хачапури по-мегрельски используется имеретинский сыр, по консистенции напоминающий творог. К сожалению, у нас найти такой сыр не является возможным, поэтому в домашних условиях для начинки лепешек применяют сулугуни, а иногда смесь сулугуни и брынзы, или смесь сулугуни и адыгейского сыра.